No ambiente da Anatomia, também chamado de Theatro Anatômico, é mantido um acervo de materiais anatômicos normais e patológicos utilizados no ensino não formal para os visitantes e também como material de pesquisa. O Acervo já foi utilizado para ilustração de livros, produção de monografias, entre outros.

Neste espaço, o visitante tem a oportunidade de conhecer alguns aspectos da anatomia, morfologia e histologia humana.

É separado em quatro temas:

• Estrutura do aparelho reprodutor:
  Apresenta diversos materiais didáticos com objetivo de estimular o autocuidado por meio do conhecimento da anatomia e fisiologia do aparelho reprodutor, dos métodos contraceptivos e da prevenção de ISTs.
• Embriologia humana:
  Exibe alguns materiais didáticos explicando a fase embrionária, além de conter embriões e fetos reais dispostos, possibilitando aos visitantes questionamentos sobre o surgimento dos seres humanos.
• A evolução ontogenética do esqueleto humano:
  A exposição dá uma boa ideia da plasticidade óssea e permite ao visitante acompanhar as constantes transformações sofridas pelo esqueleto em cada fase da vida. Estão expostas inúmeras peças anatômicas como do crânio e da face humana.
• Órgãos preservados:
  Conta com peças anatômicas de cérebros e corações que permitem ao visitante uma maior percepção do ambiente e do corpo humano, analisando de forma mais descomplicada os órgãos do corpo humano.

Três projetos de extensão estão vinculados à Anatomia:

• Prevenção e autocuidado na saúde reprodutiva. – Profª. Drª. Sonia Trannin de Mello
• Pesquisa extensionistas – O empoderamento de pessoas que menstruam com vistas à igualdade, ao acesso e ao manejo da higiene, com impacto positivo no meio ambiente – Profª. Drª. Sonia Trannin de Mello
• Promud – nosso corpo sob olhar microscópico – Prof. Dr. Éder Paulo Belato Alves